Файл отвечающий за отображение главного меню расположен по данном пути: app/addons/mc__telegram_webapp/Mc_telegramWebapp/Commands/Telegram/ShowMainMenu.php.

Добавить/изменить элементы главного меню бота можно воспользовавшись PHP хуком mc__telegram_webapp_commands_show_main_menu:

 /**
  * Change request before sending main menu to chat
  *
  * @param ATelegramCommand $this
  * @param array $req
  */
 fn_set_hook('mc__telegram_webapp_commands_show_main_menu', $this, $req);