Склады
Если Вы используете модуль "Склады", то для корректной работы функционала обновления остатков Вам нужно проставить соответствие складам магазина к складам Маркета. Нужные Вам настройки находятся на странице "Администрирование → Магазины и ПВЗ → *Страница настроек конкретного склада* → вкладка "Модули" → секция "MC: Wildberries".